Muzeum Przyrodnicze Instytutu Systematyki i Ewolucji Zwierząt PAN Integralną częścią Instytutu jest Muzeum Przyrodnicze ISEZ PAN. Od 1992 roku siedziba Muzeum znajduje się przy ul. św. Sebastiana, w budynku dawnej „Łaźni Rzymskiej”. Na terenie Muzeum zorganizowano kilkadziesiąt wystaw okresowych, również przy współpracy z zagranicznymi muzeami m.in. z Francji, Szwajcarii, Ukrainy i Niemiec. Muzeum przygotowało ponad 40 wystaw wyjazdowych w Polsce oraz kilkanaście konferencji ogólnopolskich i międzynarodowych.
Należące do Instytutu zbiory naukowe liczą ponad 1,7 miliona, bardzo często unikalnych, okazów bezkręgowców i kręgowców zarówno kopalnych, jak i współczesnych.
Wydania własne Instytut Acta Zoologica Cracoviensia (półrocznik), Folia Biologica (kwartalnik) i Monografie Fauny Polski, a także książki autorstwa swoich pracowników.
Biblioteka Biblioteka ISEZ PAN posiada jeden z największych w Polsce księgozbiorów z zakresu zoologii. Księgozbiór ten obejmuje łącznie blisko 108 tys. pozycji, w tym ponad 53 tys. książek i odbitek oraz ponad 52 tys. woluminów czasopism.