Od 1973 do 1980 roku, Nebres był dziekanem wydziału Sztuk i Nauk Ścisłych Ateneum Manilskiego. W latach 1980–1982 był rektorem Loyola House of Studies. Od 1983 do 1989 roku był prowincjałem zakonu jezuitów na Filipinach. W latach 1990–1993 był rektorem Ateneum w Cagayan de Oro. Nebres zajmował się zazwyczaj projektami mającymi na celu poprawę jakości kształcenia oraz popularyzowania osiągnięć nauki i nowinek technicznych na Filipinach. W czasie pełnienia obowiązków rektora Ateneum Manilskiego uczelnia brała udział w kilku ważnych akcjach, sama często była ich inicjatorem. Nebres zajmował się również działalnością społeczną. Założył Centrum Usług Społecznych, które zajmowało się realizacją programów przeznaczonych dla studentów.
Niektóre wyróżnienia W 1981 roku otrzymał francuski Order Palm Akademickich za wkład w wymianę naukową między Francją a Filipinami W 1982 roku otrzymał doktorat honoris causa od Uniwersytetu Filipin, za propagowanie nauki i nowinek technologicznych W 1999 roku został członkiem azjatyckiego Hall of Fame uniwersytetu Stanforda W 2001 roku otrzymał Narodowy Order Zasługi w stopniu oficerskim W 2004 roku otrzymał doktorat honoris