W trakcie swojej kariery wojskowej, Boxer opublikował 86 prac dotyczących Dalekiego Wschodu, ze szczególnym naciskiem na XVI i XVII wiek. W 1945 ożenił się z Emily Hahn (zm. 1997), z którą miał dwie córki. Wcześniej jego żoną była Ursula Norah Anstice Tullochdostęp 03 I 2014, http://www.theguardian.com/news/2000/may/16/guardianobituaries1.
Kariera akademicka Już będąc majorem, Boxer zrezygnował ze służby w 1947, kiedy to King’s College London zaoferowało mu stanowisko profesora historii Portugalii, które pełnił do 1967. W tym okresie School of Oriental and African Studies mianowała go swoim pierwszym profesorem historii Dalekiego Wschodu; zachował to stanowisko przez dwa lata, do 1953. Po przejściu na emeryturę na Uniwersytecie w Londynie, w 1967, Boxer został profesorem wizytującym Uniwersytet Indiany; pracował także jako doradca w bibliotece Lilly, znajdującej się w kampusie w Bloomington w Indianie. Od 1969 do 1972 Boxer piastował stanowisko profesora historii europejskich ekspansji zamorskich na Uniwersytecie Yale.