Etap izraelski 25 maja 2014 250px|mały|Papież Franciszek i Patriarcha Bartłomiej w bazylice Bożego Grobu Około 15:30 śmigłowiec z papieżem Franciszkiem wylądował na lotnisku w Tel-Awiwie, gdzie został powitany przez prezydenta Izraela Szimona Peresa i premiera Izraela Beniamina Netanjahu. W swoim przemówieniu na lotnisku papież podkreślił, że głównym motywem jego pielgrzymki jest 50. rocznica wizyty Pawła VI i jego spotkania z patriarchą Atenagorasem. Podkreślił, że od tego czasu zostały nawiązane stosunki dyplomatyczne między Stolicą Apostolską a Izraelem. Życzył narodowi żydowskiemu, by mógł żyć w pokoju i pomyślności.
Późnym popołudniem odbyło się prywatne spotkanie papieża Franciszka z patriarchą Konstantynopola Bartłomiejem, podczas którego podpisali wspólną deklarację. W 10-stronnicowym dokumencie papież i patriarcha doceniają dotychczasowe osiągnięcia w dialogu katolicko-prawosławnym, a także odnieśli się do kwestii takich jak wolność religijna i ochrona środowiska. Po spotkaniu papież wspólnie z patriarchą Konstantynopola wzięli udział w ekumenicznym nabożeństwie w bazylice Grobu Pańskiego. W swoim przemówieniu papież podkreślił, że wiara w Zmartwychwstanie jednoczy wszystkich chrześcijan. Papież odniósł się również do prześladowań chrześcijan.