Zgłosił się do służby w kraju. Po konspiracyjnym przeszkoleniu w dywersji został zaprzysiężony 10 listopada 1941 roku w Oddziale VI Sztabu Naczelnego Wodza. Zrzutu dokonano w nocy z 3 na 4 marca 1942 roku w ramach operacji „Collar” dowodzonej przez kpt. naw. Antoniego Voelnagla (zrzut na placówkę odbiorczą „Pole” 9 km na południowy zachód od Wyszkowa). Na własną prośbę dostał przydział na IV Odcinek Wachlarza. Był dowódcą grupy dywersyjnej, która m.in. wysadziła niemiecki pociąg z amunicją na trasie Mińsk–Orsza. Od września był zastępcą dowódcy IV Odcinka i komendantem bazy w Mińsku.
12 grudnia 1942 roku został aresztowany przez Gestapo w Mińsku. W czasie próby ucieczki ok. 10 stycznia 1943 roku został ciężko postrzelony i umieszczony w szpitalu więziennym. 6 lutego dokonano nieudanej próby odbicia Piątkowskiego. Od tego momentu zaginął. Prawdopodobnie został zabity pod koniec tego miesiąca.
Bohdan Piątkowski był żonaty z Danutą Rylską.