Po zatwierdzeniu zakresów prac oraz wybranych wykonawców prac w urzędzie konserwatorskim, przystąpiono do organizacji funduszy. W roku 2010 przeprowadzono I etap prac przy organach polegający na całkowitej renowacji prospektu organowego i miechów, jak również demontażu oraz szczegółowej dokumentacji wnętrza instrumentu. W 2011 roku przeprowadzono II etap polegający na pierwszych pracach związanych z konserwacją i rekonstrukcją wnętrza organów. W 2012 r. przeprowadzono etap III prac, natomiast w 2013 r. etap IV – finalizujący projekt.
Dzięki wsparciu fundacji Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Urzędu Miasta Pasłęka, Urzędu Marszałkowskiego Województwa Warmińsko-Mazurskiego, fundacji Hermann-Reemtsma-Stiftung z Hamburga i wielu innych sponsorów udało się powierzyć projekt renowacji instrumentu warsztatowi restauratora organów Kristiana Wegscheidera z Drezna, który prace wykonywał wspólnie z polskim organmistrzem Szymonem Januszkiewiczem. Inauguracja organów miała miejsce w czerwcu 2013 r.