Ks. Jan Lewiarz musiał wyjechać z Sanoka po konflikcie z nowym metropolitą warszawskim i całej Polski Stefanem. Zwolnił go on z dotychczas sprawowanych funkcji zarzucając mu niekompetencję, niemoralne życie osobiste (czynny homoseksualizm, napastowanie innych duchownych i urządzanie orgii w mieszkaniu), niski poziom prowadzonej pracy duszpasterskiej, intrygi, zaniedbywanie interesów dekanatu rzeszowskiego, a nawet zaniedbywanie pracy duszpasterskiej i odprawianie nabożeństw unickich zamiast prawosławnych. Razem z ks. Lewiarzem z Podkarpacia usunięty został współpracujący z nim ks. Jerzy Krysiak. Duchowny ten twierdził następnie, że obaj padli ofiarą wewnątrzkościelnej walki o władzę, gdy nowy metropolita poparł frakcję duchownych o ukraińskiej tożsamości narodowej przeciwko grupie duchownych „polsko-ruskich”. Urząd ds. Wyznań nadal pozytywnie oceniał działalność ks. Lewiarza, twierdząc, że to dzięki niemu powstały parafie prawosławne na Podkarpaciu, co pozwoliło realizować politykę wyznaniową i narodowościową państwa. Mimo to metropolita Stefan odwołał go z Sanoka. Historycy różnią się w ocenach pracy ks. Lewiarza.