Większość endofitów grzybiczych należy do Ascomycota, są jednak wśród nich także przedstawiciele Basidiomycota. Prawdopodobnie wszystkie rośliny w naturalnych ekosystemach pozostają w związkach z endofitycznymi grzybami.
Colletotrichum magnum, będąca endopofitem zasiedlającym pomidory (Solanum lycopersicum), w zależności od odmiany, może być mutualistą, komensalem lub pasożytem. Zaś C. gloeosporioides jest patogenem w truskawkach, natomiast w pomidorach nie powoduje żadnych objawów choroby. Obserwuje się, że rośliny pomidora zasiedlone przez ten gatunek grzyba, mają większą biomasę i wykazują podwyższoną tolerancję na suszę.
Piriformospora indica jest endofitem kolonizującym korzenie i korzystnie wpływającym na ich wzrost. Badania wskazują, że ten grzyb może zasiedlać tkanki każdej rośliny lądowej, a jego obecność powoduje między innymi wzrost odporności na patogeny korzeniowe.