Uzyskała następnie nominację (od 1 listopada 2014) na komisarza ds. sprawiedliwości, spraw konsumenckich i równości płci w Komisji Europejskiej, na czele której stanął Jean-Claude Juncker. W 2019 weszła w skład Komisji Europejskiej kierowanej przez Ursulę von der Leyen (z kadencją od 1 grudnia tegoż roku) jako wiceprzewodnicząca odpowiedzialna za wartości i przejrzystość. W czasie sprawowania funkcji w Komisji Europejskiej kwestionowała zmiany ustrojowe w Polsce i na Węgrzech, które oceniała jako naruszające reguły państwa prawa. Krytykowała m.in. działania władz tych państw w okresie pandemii COVID-19, zmiany w wymiarze sprawiedliwości w Polsce i sytuację mediów na Węgrzech. Opowiedziała się za silniejszym powiązaniem funduszy europejskich z respektowaniem reguł praworządności. Premier Węgier Viktor Orbán w 2020 publicznie domagał się jej dymisji, uznając krytykę z jej strony za obraźliwą. W 2021 optowała za wdrożeniem procedury nałożenia na Polskę kar finansowych za niewykonywanie orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej dotyczącego Izby Dyscyplinarnej Sądu Najwyższego.