W latach 80. Wojciech Krukowski prowadził z upoważnienia Lecha Wałęsy negocjacje ze stroną rządową w sprawie autonomii zakładowych domów kultury. W ramach Komisji Ekspertów NSZZ „Solidarność” współdziałał m.in. z Małgorzatą Dziewulską, Aldoną Jawłowską, Krystyną Zachwatowicz, Konstantym Puzyną i Lechem Śliwonikiem.
W 1981 r. Krukowski zorganizował solidarnościowy Ośrodek Kultury przy Zakładach Przemysłu Odzieżowego „Cora”, którego pracami kierował przy udziale zespołu „Akademii Ruchu”. Wspólnie z Jerzym Owsiakiem i Ryszardem Kryską realizował akcje ulotkowe.
W 1982 r. przy udziale środowiska m.in. socjologów zorganizował publikację pisma „Zeszyt”. W 1987 Wojciech Krukowski zainicjował powstanie magazynu artystycznego „Obieg”, którego wydawcą było CSW Zamek Ujazdowski. Był też organizatorem powstałego w 1989 roku alternatywnego ośrodka artystycznego Kino/Teatr/Tęcza przy ul. Suzina w Warszawie. Pracami tej instytucji kierował do 1992 r.
W 1990 Wojciech Krukowski uczestniczył w pracach komisji ekspertów powołanej przez Ministra Kultury.
W latach 1990−2010 był dyrektorem Centrum Sztuki Współczesnej Zamek Ujazdowski w Warszawie.