Miasto ma charakter portowo-usługowy i oferuje najszerszy zakres usług na Galápagos: działają tu szpital, banki, poczta, stacja radiowa i biuro linii lotniczych, a przy głównych ulicach i nabrzeżu skupia się obsługa ruchu turystycznego. W 2006 roku poza miastem otwarto, staraniem mieszkańców i Parku Narodowego Galápagos, centrum ekologiczne imienia Fabricia Valverdego, w którym poddaje się recyklingowi 40% odpadów wytwarzanych na Santa Cruz.
Nauka i ochrona przyrody mały|Zabudowania Stacji Badawczej im. Karola Darwina W Puerto Ayora działa Stacja Badawcza im. Karola Darwina (), kampus naukowy . Stacja została otwarta w 1964 roku jako baza dla badaczy pracujących na Galápagos, a jej publicznie dostępna część obejmuje m.in. główną salę wystawową, centrum interpretacyjne, ogrody roślin rodzimych oraz bibliotekę i archiwum.
Jest to kampus badawczy najstarszej i największej organizacji naukowo-ochronnej działającej na Galápagos. W Puerto Ayora mieści się także siedziba Dyrekcji Parku Narodowego Galápagos.