Praca zawodowa w II RP thumb|240px|Zestaw kleszczy dentystycznych (nie Meissnerowski) Po odzyskaniu niepodległości Polski (1919) Alfred Meissner był początkowo szefem i naczelnym chirurgiem Szpitala Sióstr Służebnic Bożego Miłosierdzia w Środzie, a w roku 1920 został referentem dentystycznym w Ministerstwie Spraw Wojskowych. Stopień doktora habilitowanego w dziedzinie chirurgii szczegółowej otrzymał w roku 1927 na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Warszawskiego, a tytuł profesora nadzwyczajnego chirurgii stomatologicznej w roku 1928 w Państwowym Instytucie Dentystycznym (PID), którego był współzałożycielem. Objął też Katedrę Chirurgii Stomatologicznej w PID. Jako aktywny organizator szkolnictwa medycznego doprowadził do utworzenia w roku 1933 Akademii Stomatologicznej w Warszawie (AS, przekształcenie PID).

W latach 1937–1939 był prorektorem AS, a w roku 1939 został jej rektorem. W pracy klinicznej stosował nowatorskie techniki operacyjne i opracowywał nowe typy narzędzi stomatologicznych, m.in. uznawany za niezwykle uniwersalny typ kleszczy, znany jako „kleszcze meissnerowskie” (1923).