Stefano Borgia (ur. 3 grudnia 1731 w Velletri, zm. 23 listopada 1804 w Lyonie) – włoski kardynał, historyk, dyplomata, bibliofil, kolekcjoner rękopisów i autor książek.
Pochodził z wpływowego rodu Borgiów z Velletri. Jego wczesna edukacja była nadzorowana przez stryja Alessandra Borgię, arcybiskupa Fermo. W 1770 roku Stefano Borgia został sekretarzem Kongregacji Rozkrzewiania Wiary. W 1789 otrzymał kapelusz kardynalski, w 1801 został rektorem (prefektem ds. studiów) Collegium Romanum. Uczestniczył w konklawe, na którym wybrano papieżem Piusa VIISede Vacante 1799-1800; The Cardinals of the Holy Roman Church..
W Kurii Rzymskiej był członkiem Kongregacji Rozkrzewiania Wiary (od 1789, w tym 1798–1800 jako proprefekt i od 1802 jako prefekt), Kongregacji Indeksu (od 1789, w tym w latach 1795–1802 jako prefekt), Kongregacji Soborowej (od 1789), Kongregacji ds. Egzaminowania Biskupów (od 1789)Notizie per l’anno 1790. Roma: 1790., Kongregacji Konsystorialnej (od 1792)Notizie per l’anno 1793. Roma: 1793., Kongregacji ds. Obrzędów (od 1793)Notizie per l’anno 1794. Roma: 1794., trybunału Rzymskiej Inkwizycji (od 1795), Kongregacji ds. Wód (od 1795)Notizie per l’anno 1796. Roma: 1796., Kongregacji ds. Korekty Ksiąg Rytów Wschodnich (od 1797)Notizie per l’anno 1798. Roma: 1798. i Kongregacji ds.