Średnia temperatura w styczniu wynosi –18–19 °C, w lipcu zaś +12° +14 °C. W górach, średnia temperatura w styczniu jest obniżona do –23–25 °C, a w niektórych miejscach, w obniżeniach międzygórskich sięga do –27 °C. W nich zaś średnie temperatury lipca sięgają + 18,5 °C. Zanotowane absolutne maksimum +36 °C, absolutne minimum –50 °C. Woda w jeziorze, nawet podczas najgorętszych dni rzadko nagrzewa się powyżej 14 °C. Średnia rocznych opadów wynosi od 350 mm na wybrzeżu do 450 mm w górach. Dominują wiatry zachodnie i południowo-zachodnie.
Geografia Zabajkalski Park Narodowy znajduje się w typowym górskim obszarze tajgi. W parku znajdują się duże jednostki orograficzne: półwysep Swiatoj Nos, Góry Barguzińskie, Przesmyk Cziwyrkujski i wyspy Uszkanji. Przez terytorium parku z kierunku północno-wschodniego do południowo-zachodniego rozciągają się dwa pasma górskie: Góry Barguzińskie – stopniowo zmniejszając się od Rezerwatu Barguzińskiego do jeziora Barmaszowoje (najwyższy punkt grzbietu w granicach parku: 2376 m n.p.m.) i Góry Średnie półwyspu Swiatoj Nos (najwyższy punkt w środku 1877 m n.p.m.), stopniowo obniżając się ku północy i południu. Przesmyk Cziwyrkujski łączy półwysep Swiatoj Nos ze wschodnim brzegiem Bajkału.