W parku istnieją różne strefy ochrony: strefa buforowa (86 514 ha), strefa rekreacji i turystyki kulturowej (171 108 ha), strefa obsługi odwiedzających (13 791 ha), strefa tradycyjnego zarządzania zasobami naturalnymi (33 884 ha), strefa użyteczności gospodarczej (112 tys. ha).
Długa linia brzegowa parku jest bardzo urozmaicona; znajdują się tu głębokie wąwozy, skaliste przylądki, urwiste zbocza jak i piaszczyste plaże. Większość terenu parku zajmują lasy iglaste, dające schronienie licznym zwierzętom. Oprócz bogactwa flory i fauny – w tym wielu rzadkim i chronionym gatunkom – Nadbajkalski Park Narodowy chroni także cenne obiekty historyczno-kulturowe, występujące głównie na wyspie Olchon i w jej okolicach. Tam znajduje się największe nad Bajkałem skupisko zabytków archeologicznych, sięgających czasów paleolitu.
Geografia Nadbajkalski Park Narodowy obejmuje wąski pas południowo-zachodniego wybrzeża o długości 400 km (od wsi Kułtuk do przylądka Koczerikowskiego) oraz wyspę Olchon. Jest to tym samym najbardziej "wydłużony" park narodowy w Rosji. Park narodowy zajmuje wschodnie stoki Gór Przymorskich, południową część płaskowyżu Olchońskiego, basen rzeki Bolszaja Rieczka (dopływ Angary) a także wyspę Olchon – największą wyspę na jeziorze.