Uzyskał również tytuł doktora w inżynierii cywilnej i doktorat z prawa kanonicznego.
Za namową św. Josemarii, po stosownym przygotowaniu, w dniu 25 czerwca 1944 roku razem z Álvaro del Portillo i José María Hernández Garnica został wyświęcony na kapłana w Madrycie. 20 lutego 1949 wraz z Salvadorem Martínez Feriglezem, innym członkiem Opus Dei, wyruszył do Nowego Jorku w celu rozpoczęcia pracy apostolskiej Opus Dei w USA. Wkrótce po tym we wrześniu 1949 r. został otwarty w Chicago pierwszy ośrodek Opus DeiLocal phase closes in sainthood cause of Opus Dei priest – www.thebostonpilot.com (ang.). W 1957 r. ks. José Luis Múzquiz został mianowany Delegatem Opus Dei na Stany Zjednoczone, Kanadę i Wenezuelę. W 1958 roku odbył podróż do Japonii, Hongkongu, Nowego Delhi i Karaczi celem zbadania możliwości dla pracy apostolskiej Opus Dei. W 1962 r. powrócił na jakiś czas do Rzymu, a następnie do 1966 r. spędził kilka lat we Szwajcarii. Potem udał się do Jerez de la Frontera w Hiszpanii, a w lutym 1976 r. odbył kolejną długą podróż krajach, tym razem po krajach Afryki, odwiedzając biskupów w Gambii, Sierra Leone, Liberii, Wybrzeża Kości Słoniowej, Ghany i Górnej Wolty.