Inkubacja jaj (z łac. incubare – wysiadywać) – termin odnoszący się do procesu, w którym określone zwierzęta jajorodne (składające jaja) lęgną jaja i do procesu rozwoju zarodka w jaju.
Specyficzna sytuacja występująca u ptaków i niektórych innych grup organizmów, w której ma miejsce czynność lub tendencja behawioralna siedzenia na jajach nazywana wysiadywaniem. Większość nieśnych ras drobiu jest pod tym względem sztucznie selekcjonowanych, by zwiększyć produkcję jaj.
Inkubacja u bezkręgowców Inkubacja występuje u niektórych bezkręgowców, jak np.: u parzydełkowców (np. ukwiały i koralowce), u kilku chitonów, u niektórych ślimaków, głowonogów, małży, u wielu stawonogów, u niektórych kielichowatych, ramienionogów, mszywiołów i rozgwiazd.
Inkubacja u ptaków thumb|160px|Biegus długoskrzydły wysiadujący jaja w gnieździe