Po dwóch latach aresztowania i śledztwa został oskarżony o popełnienie czynu zabronionego z art. 91 § 1 3kkWP, a po rozprawie w więzieniu mokotowskim w Warszawie wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego z 8 marca 1947 został uniewinniony. Po rewizji wniesionej przez prokuratora wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie z 27 listopada 1947 skazany na karę 10 lat pozbawienia wolności i 3 lat pozbawienia praw publicznych (wyrok został utrzymany w mocy postanowieniem Najwyższego Sądu Wojskowego z 14 stycznia 1948). Odbywał karę w więzieniach: mokotowskim w Warszawie, Rawiczu i Wronkach, w Opolu (karę wraz z nim odbywali m.in. Jan Radożycki, Jan Łożański; podczas odbywania kary Przystasz udzielał kolegom-współwięźniom nauki historii). W wyniku warunkowego zwolnienia wyszedł na wolność 13 października 1954 po dziewięciu latach odbywania orzeczonej kary przy zawieszeniu pozostałej części do odbycia. Decyzją I Prezesa Sądu Najwyższego z 1957 założono rewizję nadzwyczajną na korzyść M. Przystasza. Wyrokiem Sądu Najwyższego w Izbie Karnej z 6 marca 1958 pod przewodnictwem sędziego Tadeusza Krokosza uchylono pierwotne orzeczenie i przekazano sprawę Sądowi Wojewódzkiemu do ponownego rozpatrzenia.