Był współzałożycielem Prewentorium Górniczego w willi „Renata” oraz dyrektorem Prewentorium im. Pstrowskiego. Pełnił obowiązki naczelnego lekarza Inhalatorium, dyrektora sanatorium Polskiego Czerwonego Krzyża w pawilonie „Modrzewie” oraz prezesa PCK w Szczawnicy.
Pod koniec sierpnia 1939 roku został zmobilizowany do Wojskowego Szpitala im. Józefa Piłsudskiego w Warszawie. W listopadzie 1939 roku wrócił do Szczawnicy, gdzie przystąpił do struktur ZWZ w Szczawnicy, kierowanych przez Zbigniewa Kołączkowskiego. Pomagał osobom przedostającym się przez granicę, został lekarzem IV batalionu 1 Pułku Strzelców Podhalańskich AK.
Od 1945 roku Werner był kierownikiem Laboratorium Chemiczno-Bakteriologicznego w Szczawnicy. W 1957 roku po przebytym zawale serca przeszedł na rentę.
Działalność społeczna Artur Werner był m.in.: przewodniczącym Szczawnickiego Koła Związku Lekarzy, prezesem Klubu Sportowego „Wisła” w Szczawnicy (1934–1939), prezesem szczawnickiego oddziału Polskiego Towarzystwa Tatrzańskiego (1934–1939, i po wojnie, po przekształceniu Towarzystwa w PTTK, do śmierci), prezesem szczawnickiego oddziału Polskiego Czerwonego Krzyża, członkiem komisji (przy Stowarzyszeniu Flisaków Pienińskich) przeprowadzającej egzaminy uprawniające do uprawiania zawodu flisaka.