Za zasługi w walce partyzanckiej został uhonorowany Krzyżem Virtuti Militari IV klasy. Oddział został rozformowany we wrześniu 1944. Do końca wojny służył jako wikary w Górcach pod Warszawą, po zajęciu przez Sowietów stolicy został wikarym parafii św. Józefa na warszawskim Kole. Działał w antykomunistycznym podziemiu, zdobywał broń, pieniądze i niósł pomoc konspiracyjnym żołnierzom. W grudniu 1945 mianowany na komendanta Pogotowia Akcji Specjalnej w Warszawie. W styczniu 1946 zorganizował akcję uwolnienia ze szpitala aresztowanego żołnierza podziemia. W połowie marca 1946 zagrożony aresztowaniem ukrywał się, 1 czerwca 1946 został raniony i aresztowany przez UB. Poddany torturom, stracił nogę. Został postawiony przed Wojskowym Sądem Rejonowym w grudniu 1946, został skazany na karę śmierci. Najwyższy Sąd Wojskowy wyrok utrzymał w mocy. 2 stycznia 1947 prośbę o ułaskawienie wystosowaną przez proboszcza ks. Jana Sitnika odrzucił prezydent KRN Bolesław Bierut. Po dalszych prośbach 28 stycznia 1947 Bierut ułaskawił go, zamieniając karę śmierci na dożywotnie więzienie. W następnym miesiącu wskutek amnestii, kara została skrócona do 15 lat pozbawienia wolności. Schorowany ksiądz odzyskał wolność 14 lutego 1954.