Przeszczepienie polega na przetoczeniu pobranych komórek macierzystych do naczynia centralnego biorcy. Leukafereza jest również stosowana w autogenicznym przeszczepieniu szpiku, stosowanym w sytuacji, w której pacjent wymaga terapii mieloablacyjnej lub wdrożenia programu megachemioterapii, ale ma niezmieniony chorobowo szpik (na przykład chłoniak Hodgkina, chłoniaki nieziarnicze, neuroblastoma, zaawansowany rak piersi). Umożliwia to zastosowanie wysokich dawek leków, które zwiększają szansę na wyleczenie lub przedłużają życie chorego, ale jednocześnie prowadzą do aplazji szpiku (zniszczenie szpiku). Przeszczep umożliwia odtworzenie szpiku chorego i podjęcie niezbędnej do życia funkcji krwiotwórczej.
Koncentrat granulocytarny Koncentrat granulocytarny (KG) jest preparatem krwiopochodnym otrzymywanym metodą leukaferezy. Dodatkowo używane są środki mające na celu sedymentacje erytrocytów. Koncentrat jest stosowany u pacjentów z granulocytopenią. Obecnie ma bardzo ograniczone zastosowanie do zagrażających życiu (sepsa) zakażeń grzybiczych (grzybice układowe) lub bakteryjnych u chorych z agranulocytozą.