W marcu 1945 po powrocie do Poznania uczestniczył w odbudowie UP i prowadził na nim w latach 1945–1948 wykłady z zakresu historii żeglugi morskiej, a później był do 1950 kontraktowym profesorem nadzwyczajnym i kierownikiem jedynej w Polsce katedry zajmującej się tymi zagadnieniami. W latach 1945–1948 kierował równocześnie Wyższą Szkołą Handlu Morskiego w Gdyni i SopocieZ. Pełczyński, WSHM - ukoronowanie działalności prof. Władysława Kowalenki (1945–1948), "Progress. Journal of Young Researches", 1, 2017, s. 96., która została założona z jego inicjatywy, a w 1950 przeszedł do pracy w Instytucie Zachodnim w Poznaniu. Kontynuował badania nad żeglugą Słowian i portami wczesnośredniowiecznymi Słowiańszczyzny Zachodniej, które publikowane były w latach 1950–1955 w „Przeglądzie Zachodnim”. W 1954 objął kierownictwo sekretariatu naukowego Słownika starożytności słowiańskich i włożył ogromny wysiłek organizacyjny w to wydawnictwo. W 1960 przeszedł na emeryturę, ale pełnił nadal funkcję jednego z głównych redaktorów Słownika.
Zmarł 15 czerwca 1966 w Poznaniu i został pochowany 18 czerwca 1966 na cmentarzu Junikowskim (pole 20-7-4).
Odznaczenia Medal 10-lecia Polski Ludowej (22 lipca 1955) – Uchwała Rady Państwa z dnia 22 lipca 1955 r.