MotoGP W 2012 Hernandez zdecydował się zmienić kategorię Moto2 i dołączyć do stawki motocykli MotoGP, podpisał kontrakt z zespołem PBM, który wystawiał maszyny CRT z silnikiem Aprilii. Od Grand Prix Aragonii Yonny dosiadał już motocykla fabrycznego, a dokładnie Ducati Desmosedici zespołu Ignite Pramac Racing, zastępując kontuzjowanego Amerykanina, Bena Spiesa. Obiecujące wyniki sprawiły, że Kolumbijczyk zagwarantował sobie miejsce na sezon 2014 z tym samym zespołem, jednak tym razem na zasadach klasy 'Open'. Sezon 2014 okazał się niezbyt szczęśliwym dla Kolumbijczyka - częste miejsca poza czołową dziesiątką zaowocowały piętnastym miejscem w generalce. W kolejnym sezonie w końcowej klasyfikacji względem poprzedniego zanotował awans o jedno miejsce.
Statystyki Sezony SezonKlasaMotocyklWyścigiZwycięstwaPodiaPPNajsz. okr.Pkt.Miejsce 2010 Moto2 BQR 17 0 0 0 0 32 21 2011 Moto2 FTR 14 0 0 0 1 43 19 2012 MotoGP BQR-FTR 15 0 0 0 0 28 17 BQR 2013 MotoGP ART 18 0 0 0 0 21 18 Ducati 2014 MotoGP Ducati 18 0 0 0 0 53 15 2015 MotoGP Ducati 18 0 0 0 0 56 14 2016 MotoGP Ducati 5 0 0 0 0 3* 21* Razem 105 0 0 0 1 236 * – sezon w trakcie