Po bitwie o Leyte Mitscher przeszedł do prac planistycznych na lądzie, a miejsce jego zajął, jako dowódca TF 38, wiceadm. McCain nadal podlegając 3 Flocie Halseya.
26 stycznia 1945 roku z kolei Halsey i McCain przeszli do prac sztabowych, a Spruance i Mitscher wrócili na poprzednie stanowiska (oczywiście 3 Flota stała się 5 Flotą, a TF 38 zmieniła nazwę na TF 58). Obaj dowodzili działaniami floty w bitwach o Iwo Jimę i Okinawę bezustannie mając do czynienia ze startującymi z lotnisk na lądzie samolotami kamikaze. Nawet gdy walki o Okinawę trwały już drugi miesiąc obecność lotniskowców − jako wsparcie żołnierzy na wyspie − była niezbędna, bowiem nie mogły ich jeszcze zastąpić siły lotnicze Armii, które nie były tak wprawne w szybkim uruchamianiu lotnisk lądowych jak piechota morska. Pod koniec kwietnia adm. Nimitz postanowił osobiście zapoznać się z sytuacją. Zauważył, że po dwóch miesiącach operacji wspierania wojsk lądowych walczących na Okinawie, dowództwo Fast Carrier Task Force jest wyczerpane psychicznie z powodu konieczności nieustannego odpierania samobójczych ataków z powietrza. Po powrocie do Pearl Harbor powiadomił Halseya, że musi w ciągu trzydziestu dni przejąć dowodzenie od Spruance’a, niezależnie od tego, czy operacja będzie jeszcze trwała czy też zostanie zakończona.