W październiku 1939 roku, odpowiadając na apel Stefana Starzyńskiego o odbudowę zniszczonego bombardowaniami miasta, rozpoczął współpracę z przedsiębiorcą budowlanym, R. Strzeszewskim. Założył też własne biuro projektowe, którym kierował architekt Jan Łukasik. Biuro to wykonało dokumentację projektową szeregu prac adaptacyjnych w obiektach przejętych przez niemieckie władze okupacyjne (m.in. Pałacu Rady Ministrów czy pałacu Brühla). Sprawa ta z negatywnym wydźwiękiem trafiła na łamy prasy podziemnej (za naganne kontakty z okupantem groziła kara cywilna tzw. infamii, czyli ostracyzmu środowiskowego), ale po wyjaśnieniach Nagórskiego została anulowana.
Został zabity 7 sierpnia 1944 w egzekucji ludności cywilnej, dokonanej przez Niemców, najprawdopodobniej na terenie tzw. Bazaru Janasza, przylegającego do Hali Mirowskiej.