Jednak, gdy tylko biskup wyjechał Finnsson zmienił zdanie i oddał manuskrypt.
Biskup Sveinsson przekazał go w 1656 roku jako dar królowi Fryderykowi, po czym trafił on do Królewskiej Biblioteki w Kopenhadze. W 1971 roku księga razem z Codexem Regius powróciła na Islandię jako islandzki skarb narodowy i została umieszczona w Stofnun Árna Magnússonar í íslenskum fræðum (Instytucie Árniego Magnússona).
Zawartość thumb|250px|Ilustracja z manuskryptu przedstawiająca króla Haralda I Pięknowłosego i jego ojca
Manuskrypt zawiera głównie sagi o królach norweskich, które można znaleźć także w staronordyckim rękopisie Heimskringla. Jednakże w Flateyjarbóku są one znacznie bardziej rozbudowane, często o wątki, które nie pojawiają się nigdzie indziej. Rękopis zawiera także jedyną kopię wiersza Hyndluljóð, unikatowy zbiór kronik, liczne krótkie opowieści, takie jak Nornagests þáttr. Ponadto w manuskrypcie znajdują się islandzkie wersje Sagi o Orkadach i Sagi o Wyspach Owczych oraz rozprawa O powstaniu Norwegii i regestry genealogiczne. Wśród innych szczególnie ważnych dzieł jest Saga o Grenlandczykach opisująca kolonizację Grenlandii przez Eryka Rudego oraz późniejsze wyprawy na zachód prowadzone przez jego dzieci i Thorfinna Karlsefni.