Po śmierci Dudajewa Muzyczko powrócił na Ukrainę. Niejednokrotnie był oskarżany za przestępstwa pospolite w postępowaniu karnym (spowodowanie poważnych obrażeń ciała, wymuszanie pieniędzy). W 1995 roku Muzyczko pobił gościa w równieńskiej kawiarni, a wszczęta przeciwko niemu sprawa została umorzona. W 1997 roku Muzyczko urządził w Kijowie zamach na Ołeha Bisa, członka UNA-UNSO. W 1999 roku Muzyczko w składzie grupy przestępczej porwał w Równem miejscowego biznesmena, domagając się od niego 1000 dolarów. Muzyczko i jego wspólnicy przetrzymywali i regularnie bili biznesmena, dopóki nie aresztowała ich milicja. Mimo wywierania presji na organach ścigania przez UNA-UNSO, żądającej jego zwolnienia i zmuszania do zamknięcia sprawy pod pretekstem nieuzasadnionego prześladowania politycznego, w styczniu 2003, miejski sąd w Równem skazał Ołeksandra Muzyczka na trzy i pół roku pozbawienia wolności. W lutym 2014 r. Muzyczko zelżył, groził bronią i pobił prokuratora w prokuraturze w Równym.
W 2012 roku Ołeksandr Muzyczko był kandydatem do Rady Najwyższej Ukrainy w 153. okręgu wyborczym (centrum – m. Równe), zajął 6. miejsce (1226 głosów, 1,14%).
Począwszy od 2013 roku, Muzyczko był koordynatorem Prawego Sektora w zachodnich obwodach Ukrainy.