następnie były domeną królestwa Kaluugan. Na przestrzeni XIV-XVI wieku poszczególne osady nadrzeczne zaczęły się łączyć, aż w roku 1565 wylądował tu hiszpański podróżnik i odkrywca, Miguel López de Legazpi, który nadał całej wspólnocie obecną nazwę. W jej skład weszły osady Kasangitan, Binangalan, Kasuguran, Bunga, Bangon i Guindapunan. Mieszkańcy Bunga odegrali ważną rolę w historii Palo, bowiem założona przez nich osada Bangon stała się później centrum miasta. W 1768 roku kapitan Balasabas został pierwszym kolonialnym zarządcą i nadał Palo prawa miejskie.
Palo uważane jest za jeden z historycznie pierwszych ośrodków miejskich prowincji. Najbardziej jest jednak znane jako miejsce lądowania gen. Douglasa MacArthura wracającego w roku 1944 na Filipiny po ponad dwuletnim wygnaniu. Wzgórze „522”, znajdujące się dziś niemal w centrum miasta, było wówczas miejscem pierwszych walk toczonych przez siły alianckie i japońskie. Katedra metropolitalna i siedziba archidiecezji służyły za szpital dla rannych Amerykanów i Filipińczyków. Wydarzenia te upamiętnia pomnik stojący przy plaży, gdzie MacArthur lądował na czele swych wojsk, przez miejscowych zwany Parkiem MacArthura.