Filipińskich więźniów politycznych, podejrzewanych o współpracę z ruchem oporu, wywożono zazwyczaj małymi grupkami na Cmentarz Chiński bądź Cmentarz Północny, gdzie byli rozstrzeliwani lub ścinani samurajskimi mieczami. Prawdopodobnie stracono w ten sposób nawet do 2000 więźniów. Osoby podejrzewane o przestępstwa mniejszej wagi rozmieszczono natomiast jako „żywe tarcze” w japońskich koszarach i instalacjach o znaczeniu militarnym.
Natychmiast po rozpoczęciu bitwy o Manilę oddziały Iwabuchiego przystąpiły do realizacji zadań „ewakuacyjno-niszczycielskich”, co oznaczało de facto doszczętne palenie całych dzielnic i wysadzanie w powietrze dziesiątek budynków, nierzadko pozbawionych jakiegokolwiek znaczenia militarnego. Porucznik William Swan z amerykańskiej 1 DKaw porównał później rozgrywające się na jego oczach sceny do wielkiego pożaru Rzymu z czasów Nerona. Masowe podpalenia dokonywane były przy tym nie tylko w północnych dzielnicach miasta, które jako pierwsze znalazły się w bezpośredniej strefie walk, lecz również w tych dystryktach Manili, gdzie wojska amerykańskie dotarły dopiero po upływie wielu dni. Jednocześnie rozpoczęła się rzeź filipińskiej ludności cywilnej. Japońscy żołnierze wyładowywali swoją złość i frustrację na bezbronnych cywilach, dokonując masowych mordów i gwałtów.