Działając w imieniu Departamentu Wojny wykonywał pomiary dla celów wojskowych w Wirginii.
Wojna secesyjna Po wybuchu wojny secesyjnej, dzięki poparciu Holta, Polak otrzymał awans do stopnia generała brygady i objął dowództwo jednostki, stacjonującej w stanie Kentucky. W październiku 1861 otrzymał rozkaz zatrzymania konfederatów na rzece Rockcastle. Obóz warowny o nazwie Camp Wildcat, którego broniły oddziały Schoepfa 21 października stał się celem ataku sił konfederackich, dowodzonych przez gen. Felixa Zollicoffera. Po nieudanej próbie przełamania oddziałów Schoepfa, oddziały konfederackie wycofały się z pola bitwy. W styczniu 1862 oddziały dowodzone przez Schoepfa po raz kolejny starły się z konfederatami Zollicoffera pod Mill Springs, odnosząc kolejne zwycięstwo. Jako dowódca dywizji, Schoepf wziął udział w bitwie pod Perryville (8 października 1862). W czasie bitwy doszło do konfliktu między nim a głównodowodzącym Armią Ohio - gen. Don Carlosem Buellem.