Do jeziora Lake Bonney wpadają liczne okresowe strumienie, zasilane latem przez wody z topniejących lodowców górskich i cyrków skalnych w dolinach wiszących pomiędzy szczytami sąsiadujących pasm górskichMcMurdo Dry Walleys Long Term Ecological Research: dane o strumieniach: Bartlette Creek Bohner Stream Doran Stream (dopływ Priscu Stream) Lawson Creek Lizotte Creek Lyons Creek Mason Creek Priscu Stream (najdłuższy dopływ, o długości 3,8 km) Red River Santa Fe Stream Sharp Creek Vincent Creek
Największym dopływem jest strumień Blood Falls, zasilany przez wody z topniejącego lodowca Taylora. Wody tego strumienia zawierają duże stężenie tlenków żelaza, wypływając na zamarzniętą powierzchnię jeziora nadają jej charakterystyczna barwę.
Nie posiada żadnego wypływu, woda jest tracona jedynie w wyniku parowania i sublimacji. Bilans hydrologiczny wskazuje na stałą utratę wody, kurczenie się jeziora potwierdzają widoczne na otaczających skałach ślady cofającej się linii brzegowej. Temperatura maksymalna +8 °C, w obrębie chemokliny na głębokości 15 m. Ku powierzchni temperatura maleje do +1 °C, poniżej chemokliny do +2 °C – -4 °C przy dnie.