W wyniku zmian nadmorskich struktur Straży Granicznej, zgodnie z zarządzeniem Komendanta Głównego SG, od 2 czerwca 1992 Strażnica SG w Darłowie przeszła w podporządkowanie Morskiego Oddziału Straży Granicznej (MOSG)Morski Oddział Straży Granicznej przeformowano na nowy etat. Zorganizowano go na bazie istniejącego już oddziału oraz sił i środków rozformowanych oddziałów SG: Kaszubskiego w Gdańsku i Bałtyckiego w Koszalinie oraz części Pomorskiego w Szczecinie..
Została rozwiązana 1994 i w to miejsce powołano Zespół Obserwacji Wzrokowo-Technicznej, który istniał do 1996. Ochroną granicy na terenie gminy Malechowo i Darłowo powierzono strażnicy SG w Ustce, a strażnicy SG w Kołobrzegu na zachód od granicy administracyjnej pomiędzy gminami Sianów a Malechowo i Darłowo.
1 stycznia 2000 ponownie została utworzona Strażnica Straży Granicznej w Darłowie. Funkcjonowała do 1 stycznia 2003, kiedy to została rozformowaniaZarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 13.12.2002..