Powojenny los Brunnera nie jest dokładnie znany. Przypuszcza się, że po zakończeniu wojny, Brunner (jako fanatyczny antykomunista) mógł być zatrudniony przez CIAMost-Wanted Nazi Ready to Surrender, Report Says, „Los Angeles Times”, 28th October 1985;.In Syria, a Long-Hunted Nazi Talks „The New York Times”, 29th November 1985;Nazi Criminal Says Mixup Aided His Escape „The New York Times”, 07th November 1985;George J. Annas: Mengele’s Birthmark: The Nuremberg Code in United States Courts (1991) „The Journal of Contemporary Health Law and Policy”, vol. 7, pages 17–46.. W 1954 roku został osądzony zaocznie, przez francuski sąd i skazany na karę śmierci. Najprawdopodobniej w tym samym roku uciekł do Syrii, dzięki zorganizowanej pomocy Watykanu (m.in. biskupa Grazu Aloisa Hudala)Michael Phayer, „The Catholic Church and the Holocaust, 1930-1965” (Indiana University Press, 2000);Guenter Lewy, „The Catholic Church and Nazi Germany” (McGraw-Hill, 1964);Uki Goñi, „The Real Odessa” (London, 2002);Gitta Sereny, „Into that Darkness” (London, 1974);Michael Phayer, „Pius XII, the Holocaust and the Cold War” (Bloomington and Indianapolis, 2007);Ernst Klee, „Das Personenlexikon zum Dritten Reich. Wer war was vor und nach 1945”, Ver. S.Fischer (Frankfurt am Main, 2003);Alois C. Hudal, „Römische Tagebücher.