W efekcie politycznego procesu, w którym postawiono Chwalibogowskiemu zarzuty nadużywania władzy oraz sprzeniewierzenia funduszy publicznych, Chwalibogowski został skazany w listopadzie 1827 roku. Wachholz zwraca uwagę, że Chwalibogowskiego uznano za winnego przestępstwa objętego tylko jednym punktem oskarżenia, natomiast uwolniono go od dwudziestu kilku innych zarzutówSzczęsny Wachholz, Rzeczpospolita Krakowska: okres od 1815 do 1830 r., Warszawa: Wydawnictwo Prawnicze, 1957, s. 214, 215.. Chwalibogowski, początkowo objęty aresztem domowym, został następnie przeniesiony do więzienia i poddany specjalnie obostrzonemu regulaminowi.
„Sprawa Chwalibogowskiego” przyniosła efekt odwrotny od zamierzonego – stronnictwo mieszczańskie zyskało na popularności, a w 1827 roku walkę o fotel prezesa Senatu Rządzącego wygrał kandydat Zgromadzenia Reprezentantów, prezes Sądu Apelacyjnego Józef Nikorowicz. przewagą jednego głosu nad Wodzickim. Partia szlachecka, chcąc doprowadzić do uznania nieważności wyborów, sprowokowała notę mocarstw opiekuńczych Wolnego Miasta Krakowa. W nocie tej, jak pisze Ewa Kajdańska, uznano Izbę oraz jej działalność z roku 1827 za niezgodną z ustawą zasadniczą, w wyniku czego nieważną. Dwory „opiekuńcze” postulowały przywrócenie stanu sprzed wyborów 1827 roku, natomiast utrzymano prezesurę Stanisława Wodzickiego.