Od 15 marca 1954 wprowadzono nową numerację strażnic. Strażnica Krynica Morska II kategorii otrzymała numer 100. W 1956 rozpoczęto numerować strażnice w systemie brygadowym. Podległa 163 batalionowi WOP strażnica Krynica Morska otrzymała numer 10. Latem 1957, po przekazaniu 161 batalionu WOP 15 Brygadzie WOP, zmieniono po raz kolejny numerację strażnic w systemie brygadowym. Strażnica Krynica Morska stała się numerem 16. W 1960, pozostając nadal w systemie brygadowym, odwrócono numerację. Strażnica otrzymała numer 1. W 1964 strażnica WOP nr 1 Krynica Morska uzyskała status strażnicy ladowej i zaliczona została do II kategorii.
W wyniku realizacji kolejnego etapu zmian organizacyjnych w Straży Granicznej w 2002, strażnica uzyskała status strażnicy SG I kategoriiZarządzenie Komendanta Głównego Straży Granicznej nr 3 z 11.01.2002.
Ochrona granicy Wiosną 1958 zlikwidowano strażnicę Sztutowo. Odcinek podzielono pomiędzy strażnicę Krynica i strażnicę Jantar.
Strażnice sąsiednie: 104 strażnica WOP Tolkmit ⇔ 106 strażnica WOP Feauenberg – 1946