W 1921 roku obiekt przejęli na własność Misjonarze Świętej RodzinyPraca zbiorowa pod redakcją Ryszarda Jałoszyńskiego, Kazimierz Biskupi - Pobernardyński zespół klasztorny - Historia, Kultura, Społeczność, Gminny Ośrodek Kultury w Kazimierzu Biskupim, 2021, ISBN: 978-83-957063-2-5. Podczas II wojny światowej Niemcy uczynili z klasztoru obóz przejściowy dla polskich księży (jednym z więźniów był m.in. ksiądz Wacław Gieburowski – dyrygent Chóru Archikatedralnego w Poznaniu)Piotr Maluśkiewicz, Województwo konińskie : szkic monograficzny, wyd. 1, Warszawa: Państwowe Wydawn. Nauk, 1983, s. 172-173, ISBN 83-01-00534-3, OCLC 11783554, a w późniejszym czasie magazyn zbożowy. Ponadto skonfiskowali relikwiarze wykonane ze srebra i kości słoniowej, dzwon oraz porozrzucali relikwie Pięciu Braci Męczenników, które miejscowa ludność pozbierała i po wojnie przekazała z powrotem zakonnikom. Część misjonarzy z Kazimierza Biskupiego poniosła śmierć w niemieckich obozach koncentracyjnych.
Od 1945 do 1948 roku w budynkach klasztornych mieściło się gimnazjum koedukacyjne, które powstało dzięki staraniom ks. Tadeusza Duszy ze Zgromadzenia Misjonarzy Świętej Rodziny.