W ramach reorganizacji struktur Straży Granicznej związanej z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. Podczas restrukturyzacji wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego. W wyniku tego, 15 października 2002 Strażnica SG na Łysej Polanie została zniesiona, a ochraniany przez nią odcinek granicy państwowej wraz z obsadą etatową przejęła Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej na Łysej Polanie (GPK SG na Łysej Polanie).
Ochrona granicy thumb|Żołnierz WOP z kbk AKMS przy tablicy „Granica Państwa Przekraczanie Zabronione“ (1990) Na odcinku strażnicy funkcjonowało drogowe przejście graniczne, w którym kontrolę graniczną osób, towarów i środków transportu, wykonywała Graniczna Placówka Kontrolna Łysa Polana: Łysa Polana-Tatranská Javorina.
W 1956 na ochranianym odcinku przez 5 strażnicę WOP Łysa Polana funkcjonował punkt kontroli ruchu turystycznego, w których kontrolę graniczną i celną osób, towarów wykonywała załoga strażnicy: PKRT Morskie Oko.