19 lipca 1913 w Kościele Przemienienia Pańskiego w Sanoku zawarł związek małżeński z Marią Leokadią Prochaską (1889-1969), siostrą Franciszka, z którą miał dwie córki: Annę Janinę wzgl. Joannę (ur. 1914)Tutaj także wskazano miejsce urodzenia Wierzawice. i Marię (ur. 1916). Rodzina zamieszkiwała przy ulicy Długiej 27 (pierwotnie budynek figurował pod numerem konskrypcyjnym 947). Obie córki ukończyły Gimnazjum Żeńskie im. Emilia Plater w Sanoku (Anna w 1932, Maria w 1934). W okresie okupacji niemieckiej żona i obie córki zostały aresztowane przez Gestapo i uwięzione. Ostatecznie dwie z nich odzyskały wolność, a Maria została wywieziona do niemieckiego obozu Auschwitz-Birkenau i tam zginęła w 1944. W 1935 mężem córki Anny został ppor. Aleksander Florkowski ze stacjonującego w Sanoku 2 pułku strzelców podhalańskich. Podczas II wojny światowej w domu rodziny Stoków zakwaterowanie otrzymywali polscy uciekinierzy kierujący się na trasy transgraniczne do Węgier. Zamieszkiwała tam także Jadwiga Prochaska, matka Franciszka Prochaski.
Franciszek Stok zmarł 4 marca 1935 w Sanoku. Został pochowany na cmentarzu przy ulicy Jana Matejki w Sanoku, gdzie spoczęła także jego żona Maria (1889–1969)Według źródła parafialnego Maria Stok do końca życia była wdową po Janie, zob.