W klubie pracował do 29 kwietnia 1995 roku.
Następnie w latach 1995-1996 był trenerem Boltonu Wanderers, skąd przeniósł się do Cambridge United, gdzie 27 lutego 2001 roku został zastąpiony przez Johna BeckaCambridge United zwolnił McFarlanda [dostęp:2001-02-27] .
Następnie dnia 20 lipca 2001 roku został trenerem Torquay United, jednak odszedł z klubu 23 kwietnia 2002 roku po tym, jak prezes klubu Mike Bateson uznał, że skoro grający asystent McFarlanda - David Preece, niedługo kończy karierę, to on powinien być trenerem pierwszego zespołu.
12 maja 2003 roku McFarland został trenerem Chesterfield, jednak z powodu braku środków finansowych klubu odszedł z niego 12 marca 2007 rokuMcFarland pozostał bez pracy [dostęp:2007-03-12] .
Roy McFarland w okresie 6 stycznia-18 maja 2009 roku był trenerem Burton Albion, gdzie został zastąpiony przez Paula PeschisolidoPeschisolido trenerem Burtonu Albion [dostęp:2009-05-18] .