W ostatnim odcinku Grachi łączy swoje moce z Matildą, aby pokonać Dyrektorkę, która zamienia się w psa. Grachi i Matilda wydają się tracić swoje moce. Jednak pojawia się dziewczyna o imieniu Mía (María Gabriela de Faría), nowa zła czarownica w Escolarium.
Sezon 2 Nowy rok szkolny rozpoczyna się dla Grachi i jej przyjaciół. Chociaż w Ciudad Encantada minęło zaledwie kilka miesięcy, w Escolarium wiele się zmieniło. Francisco jest nowym dyrektorem szkoły, a Escolarium ma nowe mundurki zaprojektowane przez Mechę. Matilda została dziewczyną Diega podczas wakacji, a Úrsula odzyskała swoje moce. Grachi będzie teraz musiała zmierzyć się z Míą, nową czarownicą, która zakochuje się w Danielu i zrobi wszystko, aby zdobyć jego miłość. Będzie też musiała zmierzyć się ze złą Atheną, bardzo potężną czarownicą z rady magii, która zrobi wszystko, aby zniszczyć Grachi, zdobyć miłość Francisco i oddzielić go od Úrsuli. Ponadto do Escolarium dochodzi nowy chłopiec, Leo (Willy Martin), młody „Szalony Naukowiec”, który zakochuje się w Grachi, stając się głównym rywalem Daniela. Matilda nadal nienawidzi Grachi (nie tak bardzo jak w pierwszym sezonie) podobnie jak Mía, chce ją zniszczyć i dzięki wynalazkowi Leo odzyskuje swoje moce.