Od 15 marca 1954 wprowadzono nową numerację strażnic. Strażnica WOP Żytowań II kategorii otrzymała numer 39 w skali kraju. W 1956 rozpoczęto numerowanie strażnic na poziomie brygady. Strażnica Żytowań II kategorii była 12 w 9 Brygadzie Wojsk Ochrony Pogranicza. W 1960 funkcjonowała jako 10 strażnica WOP II kategorii Żytowań w strukturach 92 batalionu WOP, a 1 stycznia 1964 jako strażnica WOP nr 9 Żytowań uzyskała status strażnicy lądowej i zaliczona została do II kategorii. Natomiast w marcu 1968 była jako strażnica techniczna WOP nr 9 Żytowań typ I w strukturach ww. batalionu.
W 1976 Wojska Ochrony Pogranicza przeszły na dwuszczeblowy system zarządzania. Strażnicę podporządkowano bezpośrednio pod sztab Lubuskiej Brygady WOP w Krośnie Odrzańskim, a w 1984 utworzonego batalionu granicznego WOP Gubin jako Strażnica WOP Żytowań. Po rozformowaniu Lubuskiej Brygady WOP, 1 listopada 1989 strażnica została włączona w struktury Łużyckiej Brygady WOP w Lubaniu Śląskim i tak funkcjonowała do 15 maja 1991.
Straż Graniczna: Po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, 16 maja 1991 strażnica została przejęta przez Lubuski Oddział Straży Granicznej i przyjęła nazwę Strażnica Straży Granicznej w Żytowaniu (Strażnica SG w Żytowaniu).