„Protokół z Rio de Janeiro”, który miał kończyć konflikt z Ekwadorem. thumb|left|220px|Prezydent Prado w trakcie spotkania z królową Holandii Julianną, 1960 Podczas jego drugiej prezydentury w latach 1956–1962 zapowiedział prawne uznanie i zalegalizowanie działalności centrolewicowej partii Amerykański Rewolucyjny Sojusz Ludowy. Tak też się stało. Umożliwiło to powrót z emigracji jednego z czołowych polityków tej formacji politycznej – Víctora Haya de la Torre.

W polityce zagranicznej za swój największy sukces Prado uznał to, że w czasie sprawowania funkcji prezydenta w 1942 jako pierwszy z południowoamerykańskich szefów państw doprowadził do zerwania stosunków z państwami Osi i powiększenia współpracy ze Stanami Zjednoczonymi. Podczas II wojny światowej Peru przez większy czas zachowało neutralność. 1 sierpnia 1962 Prado opuścił kraj, wyjechał do Francji i osiedlił się w Paryżu.

Był dwukrotnie żonaty. Jego pierwsza żoną – w latach 1914–1958 – była Henrietta Garland Higginson, a drugą – od 1958 do jego śmierci – Clorinda Málaga Bravo. Miał jednego syna – Mariano Ignacio Prado i córkę Rosę.

Zmarł w 1967 w Paryżu.