W 1463 prowadził śledztwo w Como, w wyniku którego wielu podejrzanych o czary skazano na śmierć lub wygnanie, co spowodowało opór miejscowych władz i społeczności. W skardze miejscowego podesty do księcia Mediolanu wskazano, że Constantini nie przestrzegał obowiązujących procedur, działał w sposób arbitralny i okrutny. Wydarzenia te znane są tylko z korespondencji między podestą Como a księciem Francesco Sforzą, która nie wyjaśnia, jaki był ich finał, w szczególności nie wiadomo, czy wyroki wydane przez inkwizytora faktycznie zostały wykonane.
Na początku 1470 Niccolò Constantini i jego wikariusz Giovanni Domenico da Cremona (późniejszy inkwizytor Pawii, Piacenzy i Cremony) prowadzili w miejscowości Salussola śledztwo przeciwko Giovannie Monduro, kobiecie oskarżanej przez swych krewnych o czary, którą ostatecznie uznali za "heretyczkę winną niezliczonych zbrodni" (w tym dzieciobójstwa) i skazali na śmierć. Wykonanie wyroku z nieznanych przyczyn odroczono o ponad rok, jednak ostatecznie kobieta została spalona na stosie w Miagliano 17 sierpnia 1471. Akta tego procesu zachowały się do dziś.