18 marca 2010 roku Mychajło Dobkin stanął na czele Charkowskiej Obwodowej Administracji Państwowej. W tym samym dniu Hennadij Kernes został mianowany pełniącym obowiązki mera Charkowa. Funkcję tę pełnił do wyborów samorządowych, które odbyły się w październiku tego samego roku. 31 października 2010 roku został wybrany merem Charkowa. W wyborach otrzymując 30,09% głosów (głos za oddało 130 352 wyborców) wyprzedził najbliższego rywala, kandydata opozycji Arsena Awakowa, na którego głosowało 29,46% wyborców (127 608 głosów). 24 listopada 2010 został zaprzysiężony i zaczął pełnić obowiązki związane z piastowanym urzędem. Jako mer Charkowa dał się poznać z bardzo szerokich reform, z wkładu w rozwój miasta oraz działalności charytatywnej.
28 sierpnia 2013 obronił pracę doktorską na temat: „Mechanizmy oddziaływania elit samorządowych na administrację publiczną Ukrainy” (ukr. Механізми впливу регіональної еліти на державне управління України).