Wznowienie działalności KGUUJ w kwietniu 1945 r. rozpoczęto od porządkowania Instytutu i herbatki zapoznawczej z prof. Eugeniuszem Romerem – nowym kuratorem Koła. Przez następne trzy lata Koło mogło jeszcze działać w przedwojennym stylu. Równie ważna jak funkcja naukowa, stała się wtedy funkcja zapomogowa i samopomocowa. W związku z nasilającymi się tendencjami centralistycznymi w 1949 r. włączono KGUUJ do Stowarzyszenia Kół Naukowych Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego, gdzie działało jako sekcja. Na spotkaniach odbywały się głównie szkolenia ideologiczne. W 1950 r. odgórnie zlikwidowano wszystkie koła naukowe. Kilka miesięcy później reaktywowano Koło Geografów Uniwersytetu Jagiellońskiego, jako przybudówkę Zrzeszenia Studentów Polskich. Pod kuratelą prof. Mieczysława Klimaszewskiego KGUJ skupiło się wyłącznie na badaniach naukowych. Ok 1956 r. działalność Koła zamarła.