Był delegatem na XVII zjazd WKP(b) (26 stycznia-10 lutego 1934) i został na nim dopuszczony do wystąpienia popierającego politykę partii i przywództwo Stalina. Od grudnia 1933 do grudnia 1936 był zastępcą naczelnika wydziału w Komisariacie Ludowym Sowchozów.
Po rozpoczęciu wielkiej czystki, 20 grudnia 1936 roku został aresztowany przez NKWD. 13 lipca 1937 został skazany na śmierć przez Kolegium Wojskowe Sądu Najwyższego ZSRR z zarzutu o „udział w kontrrewolucyjnej organizacji terrorystycznej”. Stracony tego samego dnia. Skremowany w krematorium na Cmentarzu Dońskim, pochowany anonimowoПреображенский Евгений Алексеевич„В 1936–37 годах тела большинства расстрелянных по приговорам судебных органов направляли на кремацию. Единственный в Москве крематорий находился на территории Донского кладбища. Список репрессированных, которые были кремированы на территории Донского кладбища с 1934 по 1952 год включительно, представлен на сайте общества "Мемориал"” Категория:Москва, расстрельные списки - Донской крематорий Преображенский Евгений Алексеевич (1886)