Pochowany na cmentarzu katolickim św. Wojciecha w ŁodziNekrolog w „Gazecie Wyborczej”.
Publikacje Henryk Rafalski był autorem lub współautorem 255 publikacji, w tym 38 monografii oraz 210 artykułów publicystycznych i popularnonaukowych, promotorem 25 doktoratów i opiekunem 5 przewodów habilitacyjnych.
Osiągnięcia naukowe Henryka Rafalskiego obejmują opracowanie matematycznego modelu zależności między koncentracją białka w diecie a jego wykorzystaniem do celów budulcowych organizmu, wykazanie wpływu proporcji białka, tłuszczu i węglowodanów w diecie na gospodarkę lipidów i azotu w organizmie oraz wykazanie skuteczności wzbogacania w żelazo wybranych produktów dla kobiet i dzieci. Badania związku między stanem zdrowia a warunkami bytowymi i warunkami pracy ludności wiejskiej były również prowadzone na terenach wiejskich w formie nowatorskich obozów naukowo-dydaktycznych przez studentów i kadrę dydaktyczną akademii medycznych.