W październiku 1487 papież pozbawił go uprawnień inkwizytorskich na obszarze objętym krucjatą, a rok później, w grudniu 1488 generał zakonu Gioacchino Torriani wezwał go do osobistego stawiennictwa w Savigliano (gdzie generał akurat przebywał) celem wyjaśnienia swojej postawy. Najwyraźniej jednak Berra dał satysfakcjonującą odpowiedź, gdyż 5 stycznia 1489 Torriani potwierdził go na urzędzie inkwizytora Mondovì, a w kwietniu 1489 powierzył mu nadzór nad wyborami nowego prowincjała Lombardii Górnej, po zakończeniu kadencji Paolo Moneglii (został nim inkwizytor Casale Monferrato, Michele Madei da Asti).
1 marca 1495 Biagio Berra został pozbawiony urzędu inkwizytora przez generała zakonu Gioacchino Torrianiego, który zdecydował jednocześnie, że diecezja Mondovì ma powrócić pod jurysdykcję inkwizytora Savigliano. Trzy lata później, 1 lutego 1498 Torriani odwołał te zarządzenia i przywrócił Berrę na urząd inkwizytora Mondovì. Niestety, nie wiadomo nic o motywach, jakie stały za tymi decyzjami.
W 1510 Biagio Berra wdał się w jakiś spór z kilkoma prominentnymi obywatelami Mondovì i otrzymał z tego powodu reprymendę od generała zakonu Tommaso de Vio. Ostatnie wzmianki o nim pochodzą z lat 1512–1513, gdy przewodniczył procesom o czary w Peveragno.