Dzięki świetnej grze jego drużyny Sampaoli został uhonorowany wieloma nagrodami za rok 2011 – urugwajski dziennik El País wybrał go drugim najlepszym trenerem Ameryki Południowej (zaraz za Óscarem Tabárezem), IFFHS przyznało mu siódme miejsce w klasyfikacji najlepszych szkoleniowców na świecie, zaś wszystkie czołowe media sportowe w Chile uznały go najlepszym trenerem tamtejszej ligi.
W wiosennym sezonie Apertura 2012 Sampaoli wywalczył z Universidadem trzeci z rzędu tytuł mistrza Chile, a także dotarł aż do półfinału najbardziej prestiżowych rozgrywek klubowych w Ameryce Południowej – Copa Libertadores. Ogółem szkoleniowcem tego klubu pozostawał przez niemal dwa lata, zdobywając cztery trofea; trzon prowadzonej przez niego ekipy stanowili zawodnicy tacy jak bramkarz Johnny Herrera, obrońcy Eugenio Mena, José Rojas, Marcos González i Osvaldo González, pomocnicy Charles Aránguiz, Marcelo Díaz, Paulo Magalhaes i Felipe Seymour oraz napastnicy Eduardo Vargas, Gustavo Canales, Junior Fernándes i Ángelo Henríquez. Za jego kadencji Universidad został pierwszym klubem w historii chilijskiego futbolu, który zdobył trzy trofea w jednym roku kalendarzowym.