Okres świetnego rozwoju przerwał wybuch II wojny światowej.
Po wybuchu kampanii wrześniowej Stanisław Jasiński brał udział w wojnie obronnej, a po powrocie z wojny organizował dalszą pracę Spółdzielni. W trakcie okupacji Niemcy odbierali pszczelarzom miód i przeznaczali go dla załóg samolotów i łodzi podwodnych. Planem władz okupacyjnych było nałożenie kontyngentu w wysokości 5 kg miodu z ula, w celu zaopatrzenia produktem tym całej armii hitlerowskiej. Kontyngentowi skutecznie przeciwstawił się Stanisław Jasiński. Uratował on także pieniądze lubelskich pszczelarzy, bez zgody okupanta zakupując za nie kamienicę oraz plac budowlany na terenie Lublina. Za swoje działania zostaje on uwięziony w katowni Pod Zegarem, a zarazem przestaje być prezesem spółdzielni. Pod jego nieobecność Niemcy dokonują radykalnej zmiany w organizacji pszczelarzy. Związek Pszczelarzy pozostawiają przy Izbie Rolniczej jako część jej struktury, jako organizację niesamodzielną, zaś sama spółdzielnia zmienia nazwę na Apis i zostaje obsadzona kolaborantami.